Bij de eerste vergadering van de nieuwe gemeenteraad kiezen de raadsleden de wethouders. Samen met de burgemeester vormen zij het college van burgemeester en wethouders (B&W).
Wethouder
Wethouders worden door de raad benoemd. Het aantal wethouders is afhankelijk van het aantal inwoners. Elke wethouder heeft zijn eigen taakgebied (portefeuille), zoals onderwijs, openbare werken, financiën, huisvesting, sport en cultuur. De politieke partijen die in het college (van B&W) zitten maken samen afspraken over de inhoud van de portefeuilles. Het wethouderschap is in de meeste gevallen een volledige dagtaak. De wethouder krijgt, afhankelijk van de grootte van de gemeente, een salaris. Als één van de raadsleden tot wethouder wordt benoemd verliest hij zijn raadslidmaatschap. Als raadslid wordt hij dan opgevolgd door een andere vertegenwoordiger van zijn partij. Ook is het mogelijk dat de raad iemand van buiten de gemeente tot wethouder benoemt. Dan geldt de regel dat de wethouder uiterlijk binnen een jaar na benoeming in Wageningen komt wonen.
Dagelijks bestuur
Het college van B&W bereidt beslissingen voor. Burgemeester en wethouders komen met voorstellen. Dat zijn de raadsvoorstellen. Eén keer in de maand komt de gemeenteraad bij elkaar om de raadsvoorstellen van het college te beoordelen. De raad neemt dan (raads)besluiten.
Het college voert de beslissingen van de raad uit. Maar dat niet alleen. In verschillende wetten is door het rijk een aantal taken opgelegd aan de gemeenten. Het college van B&W moet ook die taken uitvoeren.
B&W-vergaderingen
Het college van B&W vergadert één keer per week, op dinsdag. Tijdens zo'n vergadering neemt het college erg veel besluiten. De vergaderingen van het college zijn niet openbaar. Wel verschijnt er na afloop een openbare besluitenlijst. In die besluitenlijst staan niet alle besluiten. Een aantal besluiten is niet openbaar.
De burgemeester is voorzitter van het college. Hij heeft in deze vergaderingen stemrecht.
Bij de raadsvergaderingen treedt de burgemeester ook op als voorzitter, maar dan heeft hij geen stemrecht. Hij mag daar wel advies geven.