Archeologische vondsten tonen aan dat er al in de prehistorie
sprake is van menselijke activiteit op het grondgebied van de
huidige gemeente Wageningen. De oudste vondsten zijn gedaan bij de
Stadsbrink, waar enkele menselijke skeletten uit de Vroege
Steentijd (5000 jaar voor Christus) zijn gevonden. Op andere
plaatsen zijn ook sporen uit de Bronstijd (1500 v.Chr.) en de
Vroege IJzertijd (800 tot 500 v.Chr.) gevonden. Er
zijn echter geen bewijzen dat het om een of meer vaste
nederzettingen gaat. Waarschijnlijk zijn die hier pas in de vroege
middeleeuwen ontstaan.
In de twintigste eeuw werd een groot grafveld gevonden bij de
Diedenweg, waar vanaf het einde van de 4e eeuw tot het einde van de
9e eeuw mensen zijn begraven.
De eerste schriftelijke vermelding
van Wageningse namen vinden we in een akte van 838. Daarin is
sprake van Thullere en Bracola, waarmee vermoedelijk de
buurtschappen Dolder en Brakel, ten noorden van het tegenwoordige
stadscentrum, worden bedoeld. Tot de jaren zestig van de 20e eeuw
vormden deze buurtschappen samen de Benedenbuurt, een buurt van
boerderijen, arbeidershuisjes, winkeltjes en cafeetjes.
Deze buurten lagen op de grens van de oostelijke droge zandgronden en de akkers op de Eng, en de lager gelegen veengebieden in het westen. Andere buurtschappen waren de Peppel, Leeuwen, de Vierhuizer Brink en de Stadsbrink.
De ontwikkeling van de stad zelf heeft zich veel later voltrokken. Op de stuwwal die nu Wageningse Berg heet, staat rond het jaar 1000 een kapel. De parochie waarvan deze kapel het centrum is, wordt in de bronnen Wacheningon en Wagenunge genoemd. Het is mogelijk dat daarmee een gebied westelijk, onderaan de berg, wordt bedoeld; de wijk die nu nog steeds bekend staat als 'Oud Wageningen'.
Als zich later nog iets westelijker, eigenlijk al in het veengebied, een stad ontwikkelt, gaat die gemeenschap Nieuw Wageningen ('Nijwageningen') heten.