Tot diep in de zeventiende eeuw drijft de economie van Wageningen vooral op de landbouw. Er staan nog diverse boerderijen midden in de stad. De handel is hoofdzakelijk regionaal, al komt wel een beperkt assortiment buitenlandse producten (vijgen, druiven, wijn) op de markt. Handel van betekenis ontstaat niet, omdat de ontplooiing daarvan te zeer belemmerd wordt door oorlogshandelingen en concurrentie van omliggende steden (met name Arnhem).
Tabaksteelt
Wanneer Wageningen na 1672 geen vesting van betekenis meer is,
komt er eindelijk rust. De legering van Staatse troepen in de stad
geeft werk aan ambachtslui, maar vooral de opkomst van de
tabaksteelt zorgt voor veel werkgelegenheid. De zwaar bemeste
zandgronden bij de stad blijken zeer geschikt voor de verbouw
van dit handelsgewas. Dankzij deze cultuur klimt Wageningen aan het
einde van de achttiende eeuw op tot een van de rijkste steden van
het kwartier van Veluwe.
In de loop van de negentiende eeuw gaat de teelt van inlandse tabak
echter, als gevolg van de invoer van tabak uit Amerika en uit
Nederlands Indië, steeds verder achteruit tot zij rond 1900 geheel
verdwenen is.
Sigarenindustrie
De teloorgang van de tabaksteelt levert de Wageningers indirect toch een andere bron van inkomsten op. De handelaren in inlandse tabak zijn overgegaan op buitenlandse tabakssoorten en vinden in Wageningen veel vaardige handen die eerst thuis, en later in fabrieken, voor weinig geld sigaren kunnen maken. De sigarenindustrie heeft tot de jaren zeventig van de vorige eeuw vele honderden arbeiders werkgelegenheid geboden. Bekende merken zijn Schimmelpenninck en Victor Hugo.
Steenovens
De oudste industrie van Wageningen is echter de - inmiddels ook
verdwenen - baksteenfabricage geweest. De eerste fabriek verrijst
in 1837 aan de mond van de Rijnhaven.
Op het hoogtepunt van de baksteennijverheid, in 1918, staan er zes
steenovens in Wageningse uiterwaarden. Het werk aan de steenfabriek
is heel zwaar en wordt slecht betaald, zodat vaak het hele gezin
moet meewerken. Er was dan ook veel kinderarbeid in de
steenfabricage.
Drukkerijen
Aan het eind van de negentiende eeuw komt het drukkerijbedrijf op.
Er zijn dan al een paar drukkerijtjes in de stad, maar met de
gestage groei van het onderwijs en onderzoek sinds de oprichting
van de Rijkslandbouwschool in 1876 krijgt deze bedrijfstak pas goed
de wind in de zeilen. Veel proefschriften en later ook bekende
tijdschriften als de NCRV-gids en de Spiegel rollen jarenlang van
de Wageningse persen. Inmiddels is ook deze tak van industrie uit
de stad verdwenen.